Der Ort Gebelkofen (erstmals 1212 erwähnt) wurde 1608 von der Pfarrei Obertraubling getrennt und als Filiale der Pfarrei Wolkering zugeteilt. Das von Friedrich und Wilhelm Auer an der Schlosskapelle Gebelkofen gestiftete Sankt-Barbara-Benefizium wurde 1608 mit der Pfarrpfründe Wolkering vereinigt.
Das Erbauungsjahr der Sankt Johannes Kirche ist nicht aktenkundig, doch dürfte sicher 1608 schon eine Kirche existiert haben.
1792/93 wurden der Chor und das Langhaus der Kirche neugebaut. Ebenfalls 1793 erhöhte man den alten, romanischen Turm, und ein Jahr später wurde die Kirche konsekriert. Pater Guardian vom Kloster Dietfurt weihte am 2. Oktober 1853 den Kreuzweg der Kirche ein. Nicht einmal dreißig Jahre später, im Jahre 1882, wurde bereits ein neuer Kreuzweg angeschafft. Unter Pfarrer Josef Gruber errichtete man 1866 einen neuen Hochaltaraufsatz; die Aufsätze für die zwei Seitenaltäre wurden zwei Jahre später erneuert. 1892 erfolgte die Renovierung der Filialkirche. Im selben Jahr stattete sie auch der Kunstmaler Goß mit Gemälden und Dekorationen aus. 1914 wurde eine neue Orgel angeschafft; und 1931 setzte man das Kirchendach und den Turm der Gebelkofener Kirche instand. Mehrere Grabsteine in der Filialkirche erinnern an die Stifterfamilie von Lerchenfeld zu Gebelkofen. Kirchenpatron in Gebelkofen seit der Entstehung der Kirche der heilige Johannes der Täufer.